王振威（周群达饰）和沈飞燕（吴晓敏饰）的婚事在即，天下镖局却接到了朝廷的密旨，护送神武大炮至朝鲜边境，帮助朝鲜国抵抗来自倭夷的进攻。就这样，王振威跟随着父亲王兆兴（姜大卫饰），和沈飞扬、李云聪（张智尧饰）一起，踏上了保家卫国抵挡贼寇的旅途。可是，一行人却并没有见到神武大炮，只见到遍地的官兵尸体和受到极大刺激而变得疯疯癫癫的军队首领窦天德（连晋饰），这里究竟发生了怎样的惨剧？祸不单行，敌寇包围了王振威等人所在的村子，这也就意味着，神武大炮依然隐藏在村中。天下镖局一边抵挡着敌人的攻击，一边在村中展开了地毯式的搜索。

故事以只有女性能使用的世界最強兵器「Infinite Stratos（IS）」為中心，在女尊男卑的世界中，主角「織斑一夏」雖然身為男生卻能夠操縱 IS，為此他被強制進入培育 IS 操縱者的學校「IS 學園」，周圍理所當然也都是女性，而女生們也對這位「世上唯一能夠使用 IS 的男性」感到興趣，就此展開了許多趣味橫生的學校生活。